Jak dokazují archeologické nálezy, bylo okolí Merklína hustě osídleno již v pravěku. Již před rokem 1900 bylo např. v "Chobotě", "na Radlici", či u Bijadel nalezeno několik mohylových pohřebišť, dokládajících zdejší pradávný život již v době bronzové. Asi 1 km severozápadně od Merklína se také nacházela zaniklá středověká ves Bijadla, zaznamenaná v dobových listinách již z roku 1115 jako zboží kladrubského kláštera. Bývalo zde panské sídlo a kostel sv. Vavřince. Bijadla jsou zmiňována jako předchůdce pozdějšího Merklína.
První dochovaná zmínka přímo o Merklínu pochází z roku 1356. V této době byl Merklín již městečkem s farním kostelem a tvrzí. V letech 1362 - 1375 městečko vlastnili bratři Dněpr a Bohuslav, po jejichž smrti jej získala Bohuslavova dcera, provdaná za Konráda Borníka ze Štítar. Ten pak zdejší panství roku 1431 prodal stříbrskému měšťanu Michalovi, později psanému z Merklína. Jeho syn Petr Merklínský z Merklína, velký stoupenec Jiřího z Poděbrad, se do historie městečka zapsal dosti významným činem - dokázal pro ně od krále roku 1465 získat právo konání týdenního trhu. Na konci 15. století se stal novým majitelem Merklína Vilém z Chřínova, který městečko koupil od Petrových synů Jana a Petra. Také Vilém z Chřínova se značně podepsal na vzhledu obce - a výsledky jeho konání můžeme vidět dodnes - Vilém totiž založil zdejší 35 ha rybník, dnes zvaný Merklínský.
Merklínské panství patřilo Chřínovcům z Chřínova téměř po celé 16. století, po Vilémovi majetek spravoval jeho syn Petr, po něm pak následovala Petrova dcera Kateřina, vdaná za Zdislava z Říčan. Roku 1595 prodali Adam, Karel a Petr z Chřínova městečko s tvrzí a pivovarem, dále pak dvůr Horoušany, dvůr a ves Otěšice a část vsi Bolkova svému příbuznému Oldřichovi z Říčan. Nový rod majitelů povolil merklínským měšťanům vařit pivo a také městečku udělil řadu dalších městských privilegií. Brzy však obyvatelům nastaly zlé časy. V roce 1621 byl Merklín vypleněn Mansfeldovými vojsky, jejichž dílo ještě završil zničující požár. Pobělohorskou konfiskací pak Merklín (tehdy značně zadlužený) dostal do rukou nový majitel, Vilém z Klenové. Probíhající třicetiletá válka byla pro městečko doslova pohromou. Krajem táhla řada vojsk, která se nezdráhala plenit a drancovat, obyvatelstvo bylo sužováno značnou bídou, v letech 1624 - 1652 tak Merklín zpustl a vylidnil se.
Vilém z Klenové zemřel roku 1642, vedle značného majetku však po něm zůstaly také velké dluhy, pro jejich zaplacení tedy komisaři zemského soudu prodali roku 1652 Merklín spolu s Horoušany Anně Albertině z Říčan, hraběnce z Fryštemberka a na Olbramovicích. Ta však svůj majetek na Merklíně hned následujícího roku postoupila Janovi Grefovi z Grefenburka. Na jeho žádost byla obec dosídlena početnou skupinou Němců z Horní Falce a Bavorska. Dalším majitelem Merklína se stal roku 1659 Jakub Filip Berchtold svobodný pán z Uherčic, který proslul jako nepříliš dobrý pán - na jeho protiprávní způsoby přisvojování cizího majetku místní lid často poukazoval v peticích. Nicméně to byl právě Jakub Filip, kdo nechal zdejší středověkou tvrz přestavět na barokní zámek a za něj byla k Merklínu také připojena Buková. Po Jakubově smrti v roce 1680 panství získal syn František Ferdinand Berchtold. Ten pak o 12 let později prodal značně zadlužený Merklín se zámkem, tvrzemi Bijadla, Kloušov a Buková a vesnicemi Soběkury, Zemětice, Čelákovy, Buková a dvory Horoušany a Lhota Františku Zdeňkovi, hraběti Novohradskému z Kolovrat. V této době již k merklínskému panství patřilo kromě městečka také pět dalších obcí včetně zpustlých Bijadel. V roce 1685 byl jižně od Merklína na hřebeni dnes zalesněného kopce založen židovský hřbitov. Roku 1695 získal Zdeněk Novohradský od císaře Leopolda pro Merklín právo konat zde tři výroční trhy. V této době měl Merklín přibližně 50 obyvatelných budov. Na konci 17. století došlo k radikální přestavbě zdejšího kostela sv. Mikuláše, v rámci níž došlo také k jeho prodloužení. Roku 1712 byla postavena barokní fara, která areál kostela doplňuje, stejně jako sochy sv. Floriána a sv. Notburgy, datované vročením do roku 1765. Kamenné skulptury byly zhotoveny spolu s další sochou sv. Gotharda ve druhé polovině 18. století nákladem rodu Morzinů.
Na konci 20. let 18. století panství přešlo pod správu hraběte Ferdinanda Františka Morzina, po něm městečko získal Petr Vít Morzín, majitel statků Ježovy a Ptenín. Petr Vít pak všechna panství spojil v jeden celek. Zástupci rodu Morzinů se ukázali být dobrými správci - za jejich správy obec zažívala skutečný rozvoj. V průběhu 18. století zde bylo ustanoveno několik řemeslnických cechů, na konci tohoto století pak v městečku nastala velká stavební expanze, při níž značně stoupl počet zdejších budov. Tato expanze souvisela především s těžbou nerosných surovin v okolí obce, hlavně zinkové, olověné a železné rudy, a s provozem hutí Černovické společnosti. V okolí Merklína bylo také v provozu několik kamenolomů, kamenouhlené doly společnosti O. Zieglera a továrna na zrcadlové sklo. V 80. letech 18. století byl již Merklín počítán mezi města. O jeho významu svědčí také fakt, že zde byl do roku 1765 dokonce i hrdelní soud. Na konci 18. století byla na zdejším zámku postavena vysoká věž, která však byla o několik desetiletí později - snad mezi léty 1824 - 1825 - stržena. V těchto letech byl totiž zámek opravován, pravděpodobně v souvislosti s velkým požárem Merklína z roku 1817. Během tohoto požáru byl značně poškozen také kostel sv. Mikuláše, ten byl však opraven již následujícího roku.
Po smrti Petra Víta v roce 1815 získal merklínské panství dědictvím do správy Jana Karla Krakovského z Kolovrat, který pokračoval ve stopách Petra Víta - také za něj se obci dařilo dobře. V polovině 19. století byl Merklín střediskem panství, k němuž náležely majetky ve dvaceti vsích. Město v této době čítalo na 130 domů a 1100 obyvatel. Přibližně 60 z nich přitom tvořili členové židovské komunity, díky nim byla také v roce 1826 v blízkosti Merklínky postavena synagoga. Rok 1848 přinesl lidem významnou událost - byla zrušena robota, která lid sužovala po staletí. O dva roky později se obce staly samostatnými správními jednotkami. V druhé polovině 19. století odešlo ze zdejšího převážně zemědělského kraje množství lidí hledat práci za moře.
Na přelomu 19. a 20. století bylo ve zdejším okolí otevřeno několik kamenouhelných slojí, v provozu byla také sklárna u nedaleké samoty "na Výtuni" a později i důl na zinkovou rudu. Nástupcem Karla Krakovského se stal Eduard Pálffy z Erdödu. Po něm se roku 1900 správy obce ujal Jan Pálffy. Rod Pálffyů se pak na merklínském zámku zdržoval až do roku 1945. V roce 1903 byl v městečku panský pivovar, o pět let později také lihovar.
Poklidnému životu v obci udělala přítrž první světová válka. Ta vypukla v roce 1914 a ihned s sebou odnesla všechnu spokojenost a klid. Lidé brzy začali trpět nedostatkem - potraviny a různé zboží byly vydávány pouze na lístky, přičemž jejich příděly se neustále zmenšovaly. Koně a různé naturálie byli odváděni pro potřeby armády, situace byla s přibývajícími měsíci stále horší, nejednou lidé poznali i hlad. Nejhorší ze všeho však byl odchod řady zdejších mužů na frontu, kde nejeden z nich položil život. V samotném závěru války byla situace se zásobováním opravdu kritická, konec války v roce 1918 proto všichni přivítali s obrovskou úlevou.
Po válce se život v obci pomalu vracel do starých kolejí. V roce 1921 zde žilo na 1759 obyvatel. V roce 1931 proběhla výstavba kvalitní budovy českobratrského kostela Mistra Jana Husa, patřící českobratrské církvi evangelické, která tak navázala na tradici zdejší českobratrské jednoty (za Kateřiny z Chřínova, manželky Zdislava Říčanského z Říčana na Zásmukách, byla v Merklíně jednota bratrská podporována - její sbor je zde uváděn ještě roku 1573). Merklín se začal těšit opětovnému rozvoji, který však ukončila třicátá léta a jejich hospodářská krize. Ke všemu v sousedním Německu stále sílil vliv nacistů a jejich ideologie, s blížícím se rokem 1938 v českém pohraničí rostlo napětí mezi Čechy a Němci. Kvůli německé hrozbě byla dokonce vyhlášena mobilizace československé armády, po podepsání Mnichovské dohody však již byl veškerý odpor silnějšímu nepříteli zbytečný a Německo tak mohlo obsadit Sudety. Merklín se tak dostal do blízkosti Velkoněmecké říše. Vypuknutí druhé světové války na sebe nenechalo dlouho čekat. Opět všude vládla bída a strach, opět byly zavedeny potravinové lístky a lidé museli odvádět řadu různých naturálií armádě, situace se zásobováním byla s pokračující válkou stále horší a obyvatelé tak nedočkavě vyhlíželi konec války. V květnu roku 1945 se přece dočkali, když konec nacistické okupace ohlásil příchod Pattonových vojáků 3th US Army. Po válce sice ještě nějakou dobu trvalo, než se válkou ochromený kraj vzpamatoval, zásobování bylo špatné ještě řadu měsíců, nakonec ale nastalo období rozvoje a čilého budování.
Po roce 1945 zde došlo k postupnému úbytku obyvatelstva, v současnosti žije v Merklínu a v přilehlých obcích Kloušov, Lhota a v osadě Na Radosti více než 1000 stálých obyvatel. Městečko si ve své centrální části dodnes zachovává historizující charakter s množstvím památkově - architektonických prvků. Díky množství dosud existujících bran a historizujících štítů obytných domů či sýpek má Merklín také neopakovatelný a svébytný ráz. Mimo něj návštěvníka městečka zajisté zaujme také merklínský zámecký areál, sestávající dnes z budov zámku, rozlehlého zámeckého hospodářského dvora, parku, zámeckých sklepů a mohutné kamenné sýpky, který patří k charakteristickým příkladům venkovských feudálních sídel. Objekt byl ve 20. století průběžně adaptován. K sakrálním stavbám v obci patří kromě kostela sv. Mikuláše a novodobého evangelického kostela od architekta Gschwinda i výklenková kaplička sv. Antonína z druhé poloviny 18. století a kaplička sv. Prokopa.
Dnes je v obci síť obchodů a služeb, pohostinství, koupaliště a benzínová pumpa. Návštevníci mají možnost ubytovat se v privátech.
Jak vidno, je Merklín obcí s velice dlouhou historií. Nezbývá než si přát, aby ji čekala neméně bohatá budoucnost.