I když nelze vždy věrně vyjmenovat posloupnost jednotlivých majitelů obce a další vlivné osobnosti, zejména v průběhu 14.-16. století, je možno za nejvýznamnější považovat následně uvedené činitele, kteří více či méně ovlivňovali vývoj. Tuto řadu lze v době pozdější doplnit posloupností rychtářů a starostů.
Historicky prvními známými majiteli byli bratři Bohuslav a Něpr z Merklína. Něpr je uváděn v období let 1362-1379. V roce 1375 se souhlasem nadřízených církevních činitelů (merklínská fara spadala tehdy pod vikariát horšovsko-týnský) uvádí svého syna Bohuslava do poslání kněžského po zemřelém faráři Konrádovi. Po smrti otcově (před rokem 1394) přechází majetek na faráře Bohuslava a dceru Hedviku. Tento farář si ve svém církevním úřadě vedl poměrně aktivně i po hospodářské stránce: zajistil kostelu důchod v podobě mlýnu v "Jamkách" (někde v místě dnešního rybníku) a ves Bolkov. Propojení služby pastorální se správou hospodářskou bylo tehdy zcela běžné obdobně jako v dnešních státech propojení moci politické a ekonomické.
Vnitřní nábožensko-politické rozpory (s ekonomickými zájmy v pozadí) dvacátých až čtyřicátých let XV. století jsou uváděny v historii českého státu jako války husitské. Prohlubovány byly navíc i občasnými zahraničními vojenskými a diplomatickými zásahy. Některé odtržené hloučky těchto německých křižáckých vojsk pronikaly i do nedalekého okolí naší obce. Snahy o zhodnocení těchto válek vyvolávaly v minulosti a vyvolávají dodnes rozporuplné úvahy.
Jedno je jisté: tyto husitsko-katolické střety, tak jako každá válka, neblaze poznamenávaly všechny stránky života lidí tehdejší doby. Merklín byl v jejím průběhu lidsky i hospodářsky vyčerpán, Biadla až na kostel sv. Vavřince zpustošena a nedaleká ves Jircháře zanikla úplně.
Takto poničenou obec prodal Konrád Borník ze Štítar, který se stal vlastníkem Merklína v důsledku sňatku se zmíněnou již Hedvikou, kolem roku 1431 stříbrskému měšťanovi Michalovi, který byl ve službách pánů z Gutštejna a stal se tak zakladatelem rodu Merklínských z Merklína.
Jeho syn, Petr Merklínský z Merklína, získal roku 1465 za věrné služby králi Jiřímu z Poděbrad právo odbývat každý týden ve čtvrtek trhy podle vlastních zvyklostí. Přiznání práva trhového bylo v dané době významným ekonomicko společenským privilegiem. Jeho synové, bratři Jan a Petr, prodali dvůr, tvrz i městečko někdy před rokem 1496 Vilému z Chřínova, který v tomto roce je již uváděn jako majitel Merklína.
Vilémovi synové Václav, Hynek a Petr vlastnili Merklín do roku 1560. Merklínské panství poměrně rozšířili, tj. koupili postupně Horušany, Bukovou, Otěšice a Strýčkovice. Za významné lze považovat, že využili vhodné terénní polohy k založení rybníku v roce 1498 v místě zvaném v Jamkách, kde stával mlýn, který po vzniku rybníku byl postaven pod nově zbudovanou hrází.
Určitou překážkou tomuto úspěšnému rozvoji panství Chřínovských byly spory vedené o Biadla (po válkách husitských připadla do zástavy pánů z Merklína), Podlom aj. menší polnosti se Zikmundem Chlumčanským z Přestavlk a Chlumčan. Chřínovští měli ve znaku páva.
V roce 1560, v důsledku svatby Kateřiny, dcery Petra z Chřínova, se Zdislavem Říčanským z Říčan a na Zásmucích, přešlo merklínské panství s tvrzí, dvorem s pivovarem, poplužním dvorem a polnostmi do vlastnictví Říčanských. Ti ho vlastnili do roku 1623. Až do známé pražské hradní defenestrace v roce 1618 a na ní navazující válku třicetiletou, mimo počáteční období samotného Zdislava, panství prosperovalo.
I když Merklín neležel na hlavních tazích znepřátelených vojsk, císařských a Mansfeldových, dopadu války se nevyhnul. Jednak to bylo již roku 1618, kdy generál Mansfeld obsadil Švihov, Roupov a Plzeň, především ale v roce 1621, kdy skupina mansfeldských vojáků zvítězila nad skupinou císařského vojska, obec vyrabovala a několik stavení zapálila. Ke střetu mělo dojít na strání nade tvrzí, v místech, kde se dodnes říká "Na bojišti". I v dalších letech trpěl Merklín a okolí různými přesuny vojsk, zejména ve čtyřicátých letech, kdy Švédové táhli na Klatovy, Švihov, Domažlice aj. města. A tak na tyto války doplácel prostý robotující občan, na něhož tíže války dopadala nejvíce.
Roku 1623 byl Merklín a jeho válkou narušené hospodářství prodán Vilému z Klenové(ho) a Janovic. Jako horlivý katolík (bylo to po Bílé Hoře - 8. 11. 1620 a po popravě dvaceti sedmi představitelů stavovského povstání na Staroměstském náměstí Pražském - 21. 6. 1621) tak rychle v době počátků silných represí proti protestantům získával hospodářský a politický vliv v daném regionu. Byl pánem Merklína, Roupova, Přestavlk, Žinkov aj. obcí. Sídlil v Roupově a merklínské panství spravovali jeho úředníci mimořádně tvrdými prostředky. Poté, co byl pro svou nábožen-skou a prohabsburskou horlivost v roce 1629 povýšen do stavu panského, byl v roce 1633 povýšen již do postavení hraběcího. A tak i v našem městečku a okolí docházelo k tvrdé rekatolizaci.
Po jeho smrti roku 1642 došlo k několika změnám ve vlastnictví Merklína. Majitelé se střídali, 1653-1659 Jan Gref z Grefenburku, 1659-1679 Jakub Filip Berchtol z Uherčic a do roku 1692 jeho syn František Ferdinand, zadlužovali se, obec pustla a počet obyvatel se zmenšoval. Tento nižší počet obyvatelstva byl v té době nahrazován německými osídlenci z Bavorska a Horní Falce. Šlo o druhou, tzv. dosidlovací (kolonizační) vlnu (první za Přemyslovců ve XII.-XIII. století), která silně zasáhla na Horšovsko-Týnsko, Stříbrsko a Stodsko. Jejich příchod byl v tehdejší době oboustranně prospěšný. Oni zde nacházeli mnohdy lepší podmínky pro řemeslnou i zemědělskou činnost než měli na dosavadním působišti, český stát byl na druhé straně prostřednictvím panstva (šlechty) obohacován o nové hodnoty materiální i duchovní. Co způsobili jejich potomci českoslo-venskému státu ve dvacátém století je kapitolou jinou.
K pozitivnímu obratu došlo až za nových majitelů merklínského panství Františka Zdeňka Novohradského z Kolovrat na Přimdě (1692-1716) a jeho syna Františka Václava (do roku 1723). Nový majitel zavedl řadu opatření směřujících k zlepšení hospodářství, obecních a jako patron kostela i záležitostí církevních. Přesně vymezil naturální i peněžní povinnosti (daně) místním polo a celoláníkům. Jako první majitel zavedl číslování domů. Vedle potvrzení dosavadních týdenních trhů vymohl na Leopoldovi I. další tři výroční trhy na různé zboží kupecké, obilí, na dobytek aj. statky.
Po pětiletém vlastnictví (1723-1728) prodává německý majitel Antonín Bedřich Convay z Waterfordu merklínské panství za 230.000 zlatých šlechtické rodině Morzínů (do roku 1815), která v té době vlastnila také panství dolnolukavické.
Prvním krokem Ferdinanda Františka hraběte Morzína, nového majitele Merklína, bylo hned po zakoupení panství vydání zvláštního místního zákoníku nazvaného "Vrchnostenská artikule a nařízení neb přikázání pro obec Merklínskou". Je to třicet bodů striktně vyjadřujících, lépe řečeno nařizujících, povinnosti občanů - robotníků, hospodářů, řemeslníků aj. Přísně a pod trestem se nařizuje nejen účast na bohoslužbách a církevních slavnostech, ale zakazuje se i jakýkoli volný pohyb občanů mimo panství, mlít obilí mimo vrchnostenský mlýn aj. Z dnešního pojetí domácí bezpečnosti stojí za pozornost artikule dvanáctá varující před nebezpečím ohně v chlévech, stodolách, především ale v samotných obytných domcích, kde se má zvláštní pozornost věnovat častému prohlížení a vymetání komínů.
Obdobná, poměrně málo ve své přísnosti upravená nařízení byla pánem z Morzínů na Merklíně vydána ještě na jaře 1767, tj. tři roky předtím, než prodal Merklín svému mladšímu bratrovi Petru Vítovi, majiteli panství na Pteníně a Ježovech. Ten obě panství opět spojil.
Za panství Morzínů došlo ale i k některým pozitivním opatřením. Byla např. odstraněna jistá anarchie ve vlastnictví nemovitostí - v roce 1734 byla založena gruntovní kniha, do níž byli zapsáni majitelé domů a půdy s určenými v dané době robotními povinnostmi v peněžní podobě. Na tento soupis pak navázala opatření v evidenci půdy, její bonity a dalšího nemovitého majetku, včetně daní z něho na základě tzv. katastru Tereziánského (šlechta platí menší daň než ostatní venkovští vlastníci), Josefínského (šlechta je takřka zdaněna jako ostatní) a konečně Tereziánsko-Josefinského (opětné daňové zvýhodnění šlechty). Teprve opatřeními z roku 1817 byly tyto, velmi často neurovnané daňové poměry podstatně upraveny (i vzhledem k bonitě půdy a jejím výnosům).
Než Petr Vít Morzín roku 1815 ve věku 87 let zemřel, odkázal merklínské panství svému vnuku Janu Karlu Kolovratovi, hraběti Krakovskému. Ten se stal roku 1824 po smrti svého otce i pánem Březnice a Hradiště u Blovic. Za panství Kolovratů (1815-1872) prošla obec i celá země a část Evropy na jedné straně bouřlivým revolučním vývojem let 1848-1849, na straně druhé ale i omezují-cích politickým vývojem po potlačení revolučního hnutí vojskem knížete Windischgrätze v Praze i na jiných místech Čech. Často se o tomto období našich dějin mluví jako o období Bachova absolutismu, tj. snaze vrátit politické poměry co nejvíce hluboko před rok 1848.
Odkaz roku 1848 je v našich dějinách mnohostranně významný. Poeticky to těmito úvodními verši vyjádřil v básni Romance o jaře 1848 jeden z našich básníků největších a nejčešštějších a významný žurnalista Jan Neruda:
Čas oponou trhnul - a změněn svět!
Kam, kam padlo lidstvo staré?
Ej, kamkoli tázavý letěl hled,
vše nové, tak mladě jaré!
Rok vešel do historie naší země i do povědomí lidí jako rok zrušení doznívajících pozůstatků poddanství, především ale jako rok zrušení robotních povinností trvajících celá dlouhá staletí. 7. září 1848 schválil totiž říšský sněm ve Vídni, pod tlakem bouřivších se lidových vrstev ve městech a na venkově i v důsledku nespokojenosti části samotných privilegovaných vrstev, zákon o zrušení poddanství a feudálních povinností (roboty). Doplněn byl císařským patentem vyhlášeným 7. března 1849 o vyvázání gruntů (hospodářství) ze všech břemen odváděných vrchnosti. Zároveň stanovil hlavní zásady pro výpočet výše náhrady za feudální povinnosti zrušené zákonem ze 7. září 1848.
Revoluční bouře ve Francii, Praze, Vídni aj. vedly k probuzení zájmu o změny i u nás. Přispěly k tomu i svobodněji píšící některé české noviny, zejména "Národní noviny" Karla Havlíčka. Ty přinesly také zprávu o tom, že i v Merklíně byl po vzoru jiných měst v důsledku tohoto rychlého politického pohybu vytvořen oddíl národní stráže (gardy) v počtu 50-60 mužů. Čestným velitelem byl sám hrabě Hanuš Kolovrat. Ten také věnoval místní gardě pěkně zdobený prapor. Jeho předávání, jak tehdy bylo častým zvykem, bylo velice slavnostní-prapor posvětil a požehnal místní farář Princl. Přítomný lid nato zazpíval píseň Kde domov můj (14 let poté, co tato píseň slepého houslisty poprvé zazněla v prosinci 1834 ve hře Fidlovačka). Praktikujícím velitelem byl místní mlynář Förstl. Několik cvičení s dřevěnými maketami pušek proběhlo na Plasích. Vytváření těchto strážních oddílů (gard) bylo v souladu se zemským nařízením z března 1848.
Daleko nejzávažnějším faktorem revolučních změn bylo vyvázání se selského lidu z povinností vůči vrchnosti. Prvky poddanství byly zrušeny bezplatně. Robotní a desátkové povinnosti za přijatelnou náhradu. Její výše byla totiž stanovena na základě poměrně nízkých tzv. katastrálních cen z roku 1824 a to přibližně ještě ve výši jedné třetiny této ceny, kterou bylo možno navíc splácet až po dobu dvaceti let. Cena další třetiny finanční náhrady byla pak anulována a poslední část měla být proplacena zemskými úřady prostřednictvím nově zřízeného tzv. vyvazovacího fondu.
Celkově proto proběhl proces vyvázání se z povinností merklínskému panství, i díky přístupu samotných Kolovratů, bez rušivých momentů či větších sporů. Svědčí o tom i dopis nejpřednějšího představitele selského stavu v Soběkurech Kropáčka adresovaný v říjnu 1850 žurnalistovi K. Havlíčkovi. Vysoce v něm vyzdvihuje vztah majitele merklínského panství Hanuše Krakovského z Kolovrat (nazývá ho otcem svých poddaných) před i po revoluci (laskavým rádcem naším) za to: "že nám z té třetiny, která dle zákona na povinné k napravení připadá, opět jednu třetinu z ouplna odpustil. Jest to jistě krásný dar a ne nepatrná oběť, která se sto šesti povinným bývalého panství merklínského za podíl dostala. Dík a sláva jemu."
Hrabě Hanuš Kolovrat Krakovský, který byl považován za příznivce umírněných snah národních, zemřel v roce 1872. Za universálního dědice svého movitého i nemovitého majetku, především panství Březnice, Merklín a Hradiště u Blovic, ustanovil svého synovce hraběte Karla Eduarda Pálffyho z Erdödu (1836-1915).
Eduard Pálffy se aktivně podílel nejen na racionálním řízení svých velkostatků, ale po určitou dobu i aktivně na české zemské politice. V hospodářské oblasti zaváděl na danou dobu na svých panstvích rozsáhlejší meliorační práce k odvodnění luk, pastvin a polí, nakupoval stroje k zproduktivnění zemědělských prací, v lesním hospodářství dbal na vyváženost těžby a přírůstků dřeviny s důrazem na zalesňování dalších, ekonomicky zatím málo přínosných, pastvin.
V oblasti politické byl aktivním představitelem a často i mluv-čím konzervativního velkostatkářského seskupení na českém zemském sněmu i na vídeňské říšské radě. Byl nositelem něko-lika rakouských ocenění i čestným občanem Merklína a Březnice.
Roku 1900 převzal správu a řízení všech tří panství jeho syn Jan Nepomuk Pálffy narozený v roce 1872. Merklínský velkostatek byl tehdy se svými 3.470 ha druhým, rozlohou největším, na politickém okrese přeštickém (po velkostatku Dolní Lukavice), včetně všech poplužních dvorů. Hrabě Jan Pálffy pokračoval v racionální hospodářské politice svého otce užíváním nových zemědělských odrůd odpovídajících půdním podmínkám. Toto hospodářsky progresivní činění bylo ale spíše dílem jeho vedoucích pracovníků (ředitelů, důchodních, správců, nadlesních aj.), neboť on sám věnoval mnoho času cestování a mezi českou šlechtou byl v této zálibě tehdy jedním z nejaktivnějších. Svědčí o tom bohaté sbírky z jeho cest umístěné na zámku v Březnici.
Jan Nepomuk Pálffy byl majitelem všech tří panství až do roku 1945. Měl tři dcery a syna Karla. Ten byl jeho pravděpodobným dědicem, spolupodílel se na řízení majetku, především březnicko-merklínského a bydlel na zámku v Merklíně (dnes budova obecního úřadu). Sám byl znám v republice jako hipolog, ctitel a propagátor dostihového sportu. Zastával v podstatě funkci generálního ředitele pro správu a řízení velkostatků svého otce.
K osudově závažnému rozhodnutí Karla Pálffyho (nar. 1900) a jeho otce Jana došlo v roce 1941, kdy se oba i s rodinami přihlásili k německé národnosti a přijali říšsko-německé státní občanství. Bylo to právě v roce největších válečných úspěchů Německa, zejména na východní frontě proti tehdejšímu Sovětskému svazu. Toto vážné rozhodnutí vedlo k tomu, že musel nastoupit vojenskou službu v německé armádě. To bylo po osvobození země v roce 1945 spojeneckými vojsky hodnoceno jako čin velezrady, neboť šlo o bývalého záložního důstojníka československé armády. Ještě na počátku války byl Karel Pálffy členem obecního zastupitelstva Merklína.
Uvedené skutečnosti vedly k tomu, že obecní zastupitelstvo zamítlo žádost rodiny (otce Jana i syna Karla) o obnovení československého státního občanství a že na základě programových dokumentů vlády (Program prvé domácí vlády Republiky - vlády Národní fronty Čechů a Slováků ze 4.4.1945 a prezidentských dekretů majících v té době zákonnou platnost) došlo ke konfiskaci veškerého majetku rodiny Pálffyů. Šlo zhruba o 284 ha polí a 2.000 ha lesů, luk, pastvin, rybníků a zastavěné plochy. Jeho rodina odešla na spřízněné panství do oblasti Salzburgu v Rakousku. Stalo se tak v červnu 1946, kdy z Merklína odešla manželka Karla Pálffyho Ilona (nar. 1907) se čtyřmi dětmi (Ladislav, 1931; Terezie, 1934; František, 1937; Marie, 1941) a svou matkou. Karel sám se do Merklína nevrátil a po složitých jednáních vojensko politických odešel též do Rakouska.
Tak skončilo na území Čech působení jedné z větví starého uherského rodu významným způsobem zapsaného i do novo-dobých dějin Merklína. V zájmu objektivního přístupu je třeba uvést, že vztahy obce a velkostatku (rodiny Pálffyů) byly vzájemně vyvážené a obapolně se nejednou doplňující (pomoc při opravách některých cest, dřevo na určité zájmové potřeby aj.).