První škola stála naproti kostelu v místech parkovací plochy u transformátoru v Kostelní ulici. V důsledku vývoje po bitvě na Bílé hoře došlo k přerušení vývoje školství a z písemného záznamu vyplývá, že prvním známým učitelem byl v roce 1670 Michal Bernardin. V roce 1715 byla postavena nová školní budova ze dřeva na místě současné budovy v Kostelní ulici čp. 11. Pravidelné vyučování zde začalo roku 1788 za učitele Ondřeje Amlera. Na základě Tereziánského řádu školského z roku 1774 a patentu císaře Josefa II. z roku 1781 byla zavedena povinná šestiletá školní docházka. V roce 1749 chodilo do školy v zimě 56 a v létě 50 dětí. Vyučovalo se čtyřem pravidelným předmětům a to: náboženství, čtení, psaní a počítání. V roce 1814 byla postavena naproti kostelu, při panském dvoře, nová zděná jednopatrová školní budova (stávajícím majitelem je podnikatel p. Pavel Šalom, u kterého je záruka, že ji postupně opraví a tím nebude ostudou obce). Až do roku 1834 byla pro celé panství jediná škola v Merklíně, kterou navštěvovaly děti z Merklína, Bukové, Čelákov, Kloušova, Lhoty, Ptenína, Újezdce, Otěšic, Bolkova, Zemětic a Chalup. Od roku 1869 platila školní docházka od 6. roku do 14. roku věku, v následném období z důvodu rostoucího počtu dětí byly podle potřeby využívány k výuce další prostory, které nesplňovaly současné potřeby a tak bylo rozhodnuto o postavení nové školní budovy pro šest tříd. Za tím účelem bylo obcí Merklín zakoupeno od velkostatku staré dřevěné stavení v současné Kostelní ulici čp. 11 postavené v roce 1715 a to za 1000 zl. Stavba nové školní budovy byla provedena podle plánů inženýra Seydla z Merklína. Stavba byla zadána r. 1883 Kajetánu Černému z Kolovče za 15.860 zl. a byla dokončena r. 1884 nákladem 17.372 zl., 9 krejcarů. Z toho připadlo na obec Merklín 8.213 zl. a 86 krejcarů. Kolaudace byla až v roce 1885. Jak je vidět i v 19. století docházelo k překračování schváleného rozpočtu jak je to častým zvykem i v současné době. Brzy se ukázalo, že kapacita školní budovy nestačí, protože v roce 1893 bylo evidováno 661 dětí školou povinných. Proto byly postaveny postupně samostatné školy v Zeměticích, Čelákovech, Bukové, Pteníně a Otěšicích, které jsou v současné době zrušeny. V roce 1898 se tak snížil počet žáků merklínské školy na 383, z toho 316 z Merklína a 67 z Kloušova a Lhoty. Za několik roků se však znovu zjistilo, že kapacita školní budovy nestačí. Proto vznikla myšlenka na zřízení chlapecké měšťanské školy. První podnět k tomu dal 15.3.1900 člen místní školní rady Jan Štich. Po pečlivém rozboru celkové školní situace v Merklíně, rozhodlo obecní zastupitelstvo svým usnesením ze dne 20.12.1903 a následným usnesením ze dne 3.4.1904 o zřízení měšťanské školy. Přičiněním starosty obce MUDr. Komorouse a radního Jana Šticha, bylo dosaženo toho, že výnosem zemské školní rady ze dne 1.8.1906 č. 33902 bylo povoleno zřízení vytoužené chlapecké měšťanské školy. Přípravy ke stavbě byly neprodleně zahájeny. Pro staveniště a zahradu školy byla zakoupena část farského pozemku č.k. 1606 o výměře 86 arů a 32 m2 po 2,- Kč za 1 sáh.Výběrové řízení vyhrál p. Velíšek, stavitel z Přeštic. Přesto se místní školní rada usnesla 8.10.1908 a následně 26.2.1909, za souhlasu obecního zastupitelstva, že stavba bude provedena podle plánů architektů bratří Kavalírů z Prahy, jejichž plány se ve výběrovém řízení umístily na druhém místě. Stavbu provedli na základě usnesení obecního zastupitelstva ze dne 1.2.1909 zedničtí mistři Václav Valečka z Chudenic a Jan Königsmark z Merklína za 105.274,21 korun. Stavba byla dokončena na podzim roku 1909 nákladem 122.263,- korun, vnitřní zařízení stálo 3.000,- korun, tj. celkem za 125.263,- korun. Bylo spotřebováno 434.000 cihel. Kolaudována byla v prosinci 1909.
Obec vždy věnovala trvalou pozornost problematice školství, což mimo jiné dokumentuje i starost o školní budovy. Obě školní budovy ZŠ byly průběžně udržovány a modernizovány, což potvrzuje generální oprava "měšťanky" ukončená v roce 1984, kdy kromě výměny oken, dveří, opravy fasády, výměny podlah, rozvodu elektrické instalace, vody, vybudování splachovacích WC a přístavby šaten, bylo pořízeno ústřední vytápění společné s budovou MŠ. Po plynofikaci obce v roce 2002 byly instalovány samostatné kotelny na ZP v obou budovách ZŠ a v budově MŠ.
Rovněž budova v Kostelní ulici čp. 11 prošla náročnou rekonstrukcí - nová okna, opravena vnější fasáda, instalace ústředního topení, rozvod vody, včetně nových splachovacích WC (do té doby byly používány nehygienické suché WC). Lze konstatovat, že žáci i učitelé ZŠ a MŠ mají vytvořené dobré podmínky pro svou práci a výuku. K úplné spokojenosti chybí pouze nová tělocvična na úrovni sportovní haly, kde by bylo možné provozovat veškeré sálové sporty. Zároveň by sloužila i sportovcům TJ Sokol, Softball klubu a dalším, takže by byla plně využita. Rozměry současné tělocvičny již neodpovídají stávajícím potřebám, rovněž tak je již nevyužitelná bývalá sokolovna přebudovaná na Disco klub.
Nelze opomenout ani MŠ působící v budově postavené v roce 1981 původně pro 60 dětí. Po snížení počtu dětí využívajících toto zařízení byla zde po stavební úpravě zprovozněna školní kuchyně s jídelnou. Součástí MŠ je i navazující zahrada vybavená pískovištěm a dalšími pomůckami pro rozvíjení schopností dětí. ZŠ vykazuje bohatou mimoškolní činnost. Kvalitu výuky, zaměřenou mimo jiné na cizí jazyky (angličtina, němčina) a práci s počítači, dokumentuje bezproblémové přijetí žáků ke studiu na středních školách. Řada žáků následně úspěšně studuje i na vysokých školách. Učitelé působící na zdejší škole se vždy aktivně zúčastňovali veřejného a společenského života v obci jak v osvětové, tak i sportovní činnosti.
Posloupnost řídících učitelů a ředitelů: